成长了的刹那·F·清英驾驶着EXIA的后续机GUNDAM00再次降临到世界的舞台。围绕着新生的CelestialBeing以及刹那等GundamMeister的全新的战争将会是……？第二季的制作阵容为监督水岛精二，脚本黑田洋介等第一季的staff再次集结，共同描画刹那等人的又一次活跃。西历2312年,在天人组织和国联军的最终决战的4年之后。成立了地球联邦政府的人类，以将国家，人类的思想更进一步统一为目标，在联邦正规军之外，有组织成立了独立治安维持部队A-LAWS。但是，其实质却是以统一为名对对那些反政府势力，主义，思想进行非人道的镇压。实现了梦想以及和露易丝・哈蕾比之间的约定，在宇宙技术者的道路上摸索前进的沙慈・克洛斯罗德也身不由己的被卷进了联邦政府的改革之中。另一方面，在4年前的最终决战中幸存下来的刹那・F・清英也在寻找因为天人组织而被促进变革的世界的走向。打倒了监视者，亚雷山德罗・柯南，期望着一个没有纷争的世界。但是映入他眼帘的却是名为由A-LAWS所作出的一幕幕镇压的和平以及继续扭曲的现实。他决定重返战场。和能够改变这个世界的力量，高达一起。在这个再一次转动起来的世界刹那和沙慈行进的前方究竟有什么在等待着他们呢？